Cette série met en scène MacGyver, agent secret immatriculé DXSID N°XC4479 au département des services externes, puis employé de la Fondation Phoenix, une société privée à but non-lucratif. A partir de l'épisode 11, son chef de service qui est aussi son ami, est Peter Thornton. C'est d'ailleurs lui qui va lui proposer de rentrer à la Fondation Phoenix par la suite.

Celui qu'on appelle le « héros sans violence » n'utilise pas les armes à feu, qui le répugnent au plus haut degré, sauf pour assommer ses ennemis avec la crosse, ou s'en servir de clef anglaise. Ce bricoleur de génie ne quitte jamais son fidèle couteau suisse grâce auquel il fabrique toutes sortes d'inventions pour se sortir du pétrin : il pourra tout aussi bien colmater une fuite d'eau avec un chewing-gum, boucher une fuite d'acide avec du chocolat, ou fabriquer un hyper-propulseur avec un nettoyeur haute pression accroché à son dos.